微生物控制是在給水系統中對微生物的抑止。例如湖泊、水庫等水源中藻類等浮游生物的大量繁殖導致原水產生異味，并干擾水的過濾，于是投加硫酸銅或漂白粉以抑制微生物生長。又如敞開式循環冷卻水系統、紙廠循環白水系統中真菌、鐵細菌等的大量繁殖，導致設備的腐蝕和管道輸水能力的降低，于是投加氯、氯酚或季銨鹽等藥劑以抑制微生物生長。藥劑的投加常間歇進行。

細菌都有一定的大小，如果過濾器的濾膜，或者濾柱，（或者其他的），孔徑小于細菌的直徑，那么當液體或者氣體通過的時候，細菌就被擋住，過不去，那么過去的液體或者氣體，就是無菌的。一般小于0.22微米的孔，應該就可以濾菌了。然而病毒因為其結構微小，數量級為納米，所以可以通過細菌過濾器 。

細菌過濾過程

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